Najpierw doczytaj i zrozum jak działają uprawnienia, ewentualnie eksperymentuj na czymś mniej ważnym. Zmienianie uprawnień z poziomu użytkownika root zaczynaj dopiero, gdy zrozumiesz dobrze jak to działa. Bo tu naprawdę sporo można spieprzyć, jeśli nadasz nie te uprawnienia nie tym plikom... Niestety, właściciele hostingów serwerów w wielu przypadkach nie wiedzą jak uprawnienia działają i byś się zdziwił na ile serwerów można się włamać wyłącznie z winy hostingu
Z PHP zresztą jest podobnie, a nawet jeszcze gorzej, bo wiele skryptów i poradników zaleca uprawnienia 777 na configi, zamiast się zastanowić czy przypadkiem to nie jest wina złej konfiguracji serwera, którą się "na szybko" i niepoprawnie łata uprawnieniami plików...
ad 1. upewnij się, że serwer jest również w katalogu domowym tego użytkownika, albo w katalogach ogólnych, które są własnością tego użytkownika. Jeśli jest w katalogu domowym innego, zmień to.
Jeśli instalowałeś serwer z poziomu innego użytkownika lub były te pliki w "cudzym" katalogu, wykonaj chown, aby zmienić ich właściciela (wygooglujesz sobie o co chodzi, to nie jest trudne. Nie zapomnij chownować również grupy, może się przydać np do
FTP)
ad 2. To dobrze, jednak upewnij się, że pliki mają 750, 640, 770 lub 660. Foldery i pliki wykonywalne oczywiście muszą mieć 750 lub 770.
ad 3. Szukaj innych przyczyn, skoro chmody są OK. Napisz może do twórcy panelu.
Odnośnie roota, jest coś takiego jak sudo, umożliwia uruchomienie czegoś na prawach roota. Można skonfigurować sudo, aby użytkownik mógł go używać bez podania hasła czy czegokolwiek. Jednak nie rób tego, NIGDY! root ma pozostać rootem, nie służy on do codziennej zabawy, ani do tego by na jego uprawnieniach uruchamiać serwery. No chyba, że chcesz szybko się VPSa pozbyć, bo ktoś go przejmie i zacznie robić na nim coś nielegalnego, np przeprowadzać ataki na rząd
Ale wtedy również możesz się pozbyć wolności, bo wszystkie ślady będą prowadzić do Ciebie, jako właściciela VPSa.