4.3 - silnik, precache resource, rejestracja itemów i klas, wszystko w jednym pliku, z dalszym podziałem na osobne pliki klas, itemów i addonów.
5.0 - wszystkie pliki odosobnione, większe rozdrobnienie, sporo bugfixów, łatwiejsze dodawanie nowych modów, wbudowany assasin & sniper, kompatybilność z 4.3
Jeśli nie masz dobrego powodu, żeby zostać na 4.3 (np. zależności w pluginach), a do tego masz czas na upgrade, to moim zdaniem warto go zrobić.
Jednak z doświadczenia wiem, że często portowanie 4.3 -> 5.0 kończy się reworkiem części z pluginów. Może okazać się łatwiejsze stworzenie serwera od nowa na 5.0, z manualnym dogrywaniem kolejno pluginów, które masz na wersji aktualnej - czyli de facto stworzenie serwera od zera, z tym wyjątkiem, że niemalże wszystkie pluginy już masz zlistowane na aktualnym serwerze.
Pamiętaj, że istnieje również takia wersja jak 9.0 i oczywiście wersje pośredniczące, ale są to fan-made paczki.