Masz 2 wyjścia:
1. Wykonaj zapytanie SELECT i sprawdź czy są jakieś wyniki: Jeśli tak, wykonaj zapytanie update, jeśli nie wykonaj zapytanie INSERT
2. Jedno zapytanie: INSERT + ON DUPLICATE
INSERT INTO `tabela` ( `kluczid`, `klucz1`, `klucz2` ) VALUES ( 'wartosc', 'wartosc1', 'wartosc2' ) ON DUPLICATE KEY UPDATE `klucz1` = VALUES( `klucz1` ), `klucz2` = VALUES( `klucz2` )